Pemberontakan MMC, PRRI dan Permesta
Disamping pemberontakan yang digerakkan oleh DI/TII dan sisa-sisa kolonial, Indonesia yang baru saja mengatasi persoalan perjuangan dengan Belanda, masih banyak menghadapi gangguan keamanan yang ditimbulkan oleh berbagai kelompok yang timbul di dalam negeri sendiri. Gangguan tersebut adalah:
Pemberontakan MMC
Di Jawa Tengah terdapat gerombolan yang menamakan dirinya Merapi Merbabu Complex (MMC). Gerombolan ini terdiri dari orang-orang yan kecewa terhadap pemerintahan RI dan penjahat. Mereka mengadakan pengacauan dan penggarongan, sehingga menimbulkan korban dan mengganggu kelancaran ekonomi. Oleh karena itu, pemerintah segera bertindak. Berkat keuletan TNI MMC pun dapat ditumpas.
Berdirinya Dewan-dewan
Akhir tahun 1956 beberapa penglima di daerah membentuk dewan-dewan, yaitu:
- Dewan Banteng, di Sumatera Barat dipimpin Letkol Ahmad Husein.
- Dewan Gajah, di Medan dipimpin Kolonel Simbolon.
- Dewan Garuda, di Palembang dipimpin Letkol Barlian.
- Dewan Manguni, di Manado dipimpin oleh Letkol Vence Sumual.
Dewan-dewan itu membuat kekacauan dan mendukung gerakan pemisahan diri (Sparatisme) dari wilayah RI.
Pemberontakan PRRI
Ahmad Husein yang mendirikan Dewan Banteng tersebut, kemudian pada tanggal 15 Pebruari 1958 mengumumkan berdirinya Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia atau di singkat PRRI, dengan Syarifuddin Prawiranegara sebagai Perdana menterinya. Untuk mengatasinya TNI mengadakan operasi gabungan Angkatan Darat, Angkatan Laut dan Angkatan Udara yang disebut Operasi 17 Agustus. Operasi ini dipimpin oleh Kolonel Akhmad Yani. Pada pertengahan tahun 1958 pemberontakan PRRI dapat ditumpas.
Pemberontakan Permesta
Kolonel Vence Sumual dari Dewan Manguni menlancarkan pemberontakan di Sulawesi Utara. Gerakannya disebut Perjuangan Rakyat Semesta (Permesta). Pemberontak ini mendapat bantuan dari lar negeri. Pope seorang penerbang Amerika Serikat telah menyerang kota Ambon dari udara.
Pemerintah segera ambil tindakan dengan melancarkan operasi militer yang diberi nama Operasi Merdeka. Operasi ini dipimpin oleh Letkol Rukminto Hendraningrat. Bulan Agustus 1958 pemberontakan Permesta dapat dilumpuhkan.